В « Медовой долине» внедрена система менеджмента качества в соответствии с принципами ХАССП (контроль качества пищевых продуктов на всех этапах производства). Контролю подвергаются: оборудование, сырье, тара, упаковочные материалы, этикетки, рекламная продукция.

Контроль качества продуктов пчеловодства на всех стадиях процесса переработки проводит независимая испытательная  лаборатория  ООО «Аналитический центр Апис». Испытательная лаборатория оснащена современным оборудованием, применяет российские и международные методы анализа, имеет штат высококвалифицированных специалистов, большой опыт в анализах продуктов пчеловодства. Компетентность сотрудников подтверждена участием в профессиональных тестах FAPAS (Великобритания).

Все продукты пчеловодства (сырье, полуфабрикаты, готовая продукция) тотально проверяются на соответствие требованиям ГОСТ и Технических регламентов Таможенного союза. Все сырье проверяется на присутствие остаточных количеств антибиотиков в соответствии с ТР ТС 021/2011.